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WX310Jから引き続き搭載された「指紋認証センサー」により、所有者を識別し情報の流出をブロックします。WX321Jでは新たに、指表面の傷や脂質の不一致による認識率の低下を防ぐため、センサー部分に「真皮層検出方式」を採用するとともに、機能ごとにアクセスを制限できる「ロック設定機能」を搭載しています。
また、紛失した際などに遠隔操作でWX321Jをロック＋データ消去できる「リモートロック」、機能の使用範囲を制限できる「管理者ロック」などウィルコムが提供するセキュリティーサービスにも対応しています。

本体背面に配置された130万画素CMOSカメラ。マクロ撮影にも対応し、QRコードの読み取りも可能なため、サイトへのアクセスも簡単です。 また撮影した画像は、広視野角のIPS液晶（In-Plane-Switching：横電界方式液晶）によって上下左右どこから見てもくっきりと美しい画像を再現します。

WX310Jから踏襲された「Intellisync」で、Microsoft Outlookと電話帳やスケジュールの共有が可能。Microsoft Word/Excel/PowerPoint、PDFファイルなどのビジネス文書を閲覧できるビューアー機能も搭載しているほか、今回新たにmicroSDスロットを搭載し、メールやJavaアプリケーションをバックアップすることが可能です。また自営2版に対応し、オフィスコードレスとして利用することができます。オフィスモードではオフィス番号を10番号まで登録することができます。